その為に、Windows Udateがエラーになってしまったり、一部のアプリが使えなくなったりします。
コマンドプロンプトで以下を実行する事で、ieのプロキシ設定を反映することが出来ます
> netsh
> winhttp
> show proxy
> import proxy ie
Vistaなどでは、コマンドプロンプトを右クリックから管理者権限で実行しないとダメかも知れません
show proxyの結果で、プロキシがおかしいかどうか分かりますが、何も考えずに全部実行していいでしょう。
以下のサイトを参考にしました
スキルの杜
Windows Vista のプロキシ設定
http://www5.ocn.ne.jp/~m-shin/windows/windows-vista-proxy.html